Fondurile Tematice sunt destinate unui anumit domeniu sau unui anumit grup de beneficiari şi sunt stabilite pentru implementarea eficientă a activităţilor. Pentru ca un Fond Tematic să devină operaţional este necesară semnarea unui Acord de Fond Tematic de către partea română (UNC şi după caz, ministerele de linie), respectiv partea elveţiană (Departamentul Federal pentru Afaceri Externe, acţionând prin Agenţia Elveţiană pentru Dezvoltare şi Cooperare (SDC).

Abordările tematice pentru Fonduri Tematice şi alocările financiare indicative sunt:

  • Securitate (până la 18 milioane CHF);
  • Reforme în domeniul sănătăţii (până la 10 milioane CHF);
  • Reforme privind societatea civilă şi incluziunea romilor şi a altor grupuri vulnerabile (până la 27,8 milioane CHF);
  • Burse, cercetare şi instruire vocaţională (până la 19,75 milioane CHF);
  • Parteneriate şi  Suport pentru Experţi (până la 8 milioane CHF).

În cadrul acestei abordări, gestionarea Fondurilor Tematice se realizează prin intermediul Organismelor Intermediare Elveţiene (OIE), care au fost selectate sau desemnate astfel:

  • FT Securitate: – Consorţiul format din TC Team Consult SA, Coginta şi DCAF;
  • FT Reforme în domeniul sănătăţii: – Consorţiul format din Tropical Institute of Public Health Elveţia şi Fundaţia CRED România;
  • FT Reforme privind participarea societăţii civile: Consorţiul format din KEK-CDC Consultants Elveţia, FDSC (Fundaţia pentru Dezvoltarea Societăţii Civile) şi REPF (Fundaţia pentru Parteneriat) România;
  • FT Reformă privind incluziunea romilor şi a altor grupuri vulnerabile: – Departamentul pentru Relaţii Interetnice (DRI), desemnat de către partea română ca Unitate de Management al Programului;
  • FT Burse: – Conferinţa Rectorilor Universităţilor Elveţiene, iar din partea română, activităţile de coordonare în cadrul Fondului vor fi sprijinite de Consiliul Naţional pentru Cercetare Ştiinţifică şi de Unitatea Executivă pentru Finanţarea Învăţământului Superior, Cercetării, Dezvoltării şi Inovării;
  • FT Cercetare: – Consorţiul format din Fundaţia Naţională Elveţiană pentru Ştiinţă şi Unitatea Executivă pentru Finanţarea Învăţământului Superior, Cercetării, Dezvoltării şi Inovării din România;
  • FT pentru Parteneriate şi Experţi: – Consorţiul format din KEK-CDC Consultants Elveţia, FDSC (Fundaţia pentru Dezvoltarea Societăţii Civile) şi REPF (Fundaţia pentru Parteneriat).